在电渗析设备的设计和运行时，应考虑防止产生极化和有效地清除水垢等问题，合理选择电渗析工作电流密度，可有效防止产生极化使电流效率降低和造成结垢。原则上工作电流应当低于极限电流。工作电流的选择还应当结合原水的含盐量，离子的组分，流速和温度等情况，如原水为碳酸盐型水质，则可选择较高的工作电流。

　　温度对电渗析设备的性能有着重要影响，温度升高，水中离子迁移速度增大，膜和溶液的电阻降低，都会使设备除盐量增大，除盐率增加，淡水水质提高。实践证明，水温在40℃以内温度ÿ升高1℃，电渗析设备的脱盐率大约可提高1%。因此如有条件时，可利用废热适当提高水温，以提高出水水质和水量。为了使电渗析器安全运行，并不使运行效果太差，进水温度应在5～40℃范Χ内。

　　一般来说，原水含盐量高，可以选用较大的电流密度。在除盐量、水质要求一定的情况下，采用较大的电流密度，可以减小电渗析设备，降低造价，但日常运行电费增加。采用较小的电流密度，日常运行电费降低了，但须选用较大的电渗析设备，造价增大。使造价和日常运行电费之和最小的电流密度称为经济电流密度(或称最佳电流密度)，极限电流密度和经济电流密度二者不一定相等，如不等，应选取较低的值。